TM - Elektroforesis SDS-PAGE

ELEKTROFORESIS SDS-PAGE

1. Apa yang dimaksud elektroforesis ?

Jawab :

Elektroforesis merupakan metode untuk memisahkan makromolekul seperti asam nukleat dan protein berdasarkan ukuran, muatan listrik, dan ciri fisik. Molekul yang memiliki muatan postif atau negatif akan bergerak didalam suatu gel menuju muatan yang berlawanan. Muatan positif akan menuju kutub negatif, begitu pula sebaliknya (Magdeldin,2012).

2. Ada berapa jenis elektroforesis ? Jelaskan masing-masing!

Jawab :

Ada 6 jenis elektroforesis.

Elektroforesis kertas : adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan adsorpsivitas zat terlarut.

Elektroforesis gel : ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein.

Elektroforesis SDS : SDS ( Sodium Dedosil Sulfit) merupakan molekul yang mampu mendenaturasi dan membuat semua protein bermuatan negatif, sehingga protein akan menuju kutub positif dan pemisahan terjadi akibat adanya perbedaan ukuran

Native Gel : digunakan untutuk memisahkan protein dengan ukuran mulai dari 5-2000 kilo. Ukuran pori dikontrol dengan konsentrasi okrilanida dan bubuk okralanida dalam membuat gel.

DNA Agrose Gel : teknik pemisahan protein-protein fragmen asam nukleat yang kecil dari 5-500 pasangan basa.

Elektroforesis kapillary : metode elektroforesis yang digunakan untuk memisahkan asam amino, protein,lipid dan karbohidrat serta nukleat dengan resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa kapiler berisi buffer (Magdeldin, 2012).

3. Apa fungsi SDS pada metode SDS-PAGE ?

Jawab :

Mengubah struktur kuartener protein menjadi unit rantai polipeptida yang bermuatan negatif sehingga pada elektroforesis senyawa akan bergerak ke kutub postif atau katoda tergantung pada besarnya ukuran molekul. Molekul yang lebih kecil akan bergerak terlebih dahulu, sedangkan molekul dengan ukuran yang besar akan bergerak lambat akibat adanya gesekan dengan gel acrylamide (Tarigan, 2011).

4. Apa fungsi akrilamid pada metode SDS-PAGE?

Jawab :

Sebagai media untuk perpindahan atau migrasi makromolekul selama proses elektroforesis, Sebagai penyaring yang memisahkan molekul berdasarkan ukuran dan bentuk molekul, kekuatan dengan medan listrik, sifat hidrofobik relatif sampel dan kekuatan ionik (Tarigan,2011).

5. Apa tujuan analisis protein dengan metode elektroforesis?

- Mengetahui prinsip dasar pemisahan protein dengan metode elektroforesis.

- Menentukan kemurnian protein

- Menentukan berat molekul protein

- Mengidentifikasi dan kuantifikasi jenis protein tertentu

- Menghitung total protein dalam sampel, dengan mengkonversi nilai total N (Lee et al,2010).

6. Mengapa protein-protein tersebut dapat terpisah?

Jawab :

- Molekul dapat terpisah karena adanya perbedaan ukuran dan bentuk : ukuran molekul yang lebih kecil dari pori gel akan lebih mudah melewati gel dan bergerak lebih cepat menuju kutub. Sedangkan ukuran yang besar dibanding pori gel akan bergerak lebih lambat dikarenakan adanya hambatan dari gel dan gesekan dari gel.

- Molekul terpisah karena adanya perbedaan muatan listrik : molekul yang bermuatan negatif akan bergerak ke kutub positif begitu pula sebaliknya, Molekul dan sifat hidrofobik serta kekuatan ionik masing-masing protein berbeda-beda (Amersham,2010).

7. Bagaimana cara mengatur ukuran pori gel?

Jawab :

Dengan mengatur konsentrasi acrylamide, Pada kadar atau konsentrasi acrylamide yang rendah, gel yang terbentuk menjadi encer dan pori yang terbentuk akan lebih besar, sehingga dapat digunakan untuk memisahkan molekul dengan berat molekul yang tinggi. Pada kadar atau konsentrasi rendah, gel yang terbentuk menjadi lebih padat dan memilik pori yang lebih kecil, sehingga dapat digunakan untuk memisahkan molekul dengan berat molekul rendah (Martin,2006).

8. Apa yang dimaksud dengan stacking gel? Mengapa stacking gel diperlukan?

Jawab :

Stacking gel terletak pada bagian atas, digunakan untuk mencetak sumuran (sekat pemisah untuk penempatan sempel, disebut juga sebagai gel penimbun. Stacking gel berfungsi untuk menahan sementara agar sampel bermigrasi pada waktu yang bersamaan (Jean et al,2010).

9. Apa fungsi pewarnaan gel pada metode elektroforesis ?

Jawab :

Mengetahui jenis protein yang akan dipisahkan

Mengetahui BM protein dan pita yang bergerak

Membantu pada saat pengamatan